Nascido no Rio de Janeiro em 20 de setembro de 1913, na rua do Catete, José Honório Rodrigues foi um dos mais importantes historiadores e teóricos da história do Brasil. Fez os estudos primários no Colégio Santo Antonio Maria Zacarias e os secundários no tradicional Colégio de São Bento. No início da década de 1930, ingressou na Faculdade de Direito do Rio de Janeiro, depois Faculdade de Direito da Universidade do Brasil, onde se interessou sobretudo pelas ciências sociais e pela história.

Formou-se em 1937, mesmo ano em que recebeu o prêmio de Erudição da Academia Brasileira de Letras pelo ensaio Civilização holandesa no Brasil, escrito em parceria com Joaquim Ribeiro. Esse trabalho marcou o início de uma trajetória dedicada à pesquisa histórica, à metodologia e à historiografia brasileira.

Sua carreira docente foi ampla. Foi professor da Pontifícia Universidade Católica do Rio de Janeiro (PUC-RJ) por vários anos e professor visitante em inúmeras universidades norte-americanas. Também lecionou na pós-graduação da Universidade Federal Fluminense e no doutorado da Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Ocupou a cadeira 35 da Academia Brasileira de Letras, da qual foi o terceiro ocupante. Foi eleito em 4 de setembro de 1969, na sucessão de Rodrigo Octavio Filho. Integrou ainda o Instituto Histórico e Geográfico Brasileiro, institutos históricos estaduais, a Sociedade Capistrano de Abreu, a Academia Portuguesa da História, a Associação Histórica Norte-Americana, a Academia Real de História (Inglaterra) e a Sociedade Histórica de Utrecht (Holanda).